La iglesia conventual de Santa Clara, que está situada en la parte más elevada de la ciudad de Molina de Aragón, fue construida a finales del siglo XIII en estilo románico ojival, con piedra de sillería, y tiene planta de cruz latina, aunque con los brazos de la cruz son de pequeñas dimensiones.8 La cabecera de la iglesia termina en un ábside semicircular, ante el que está situado el presbiterio del templo, que es pequeño.9
El templo cuenta con una sola nave, y a los pies de esta última está situado el coro de las monjas.8 El muro occidental de la iglesia fue derribado para poder ampliar el convento, y el templo está cubierto por bóvedas de crucería simples, propias del estilo ojival, que descansan sobre arcos fajones sostenidos por grupos de tres semicolumnas adosadas a los muros, cuyos capiteles son de estilo románico, al igual que los de las columnas que sustentan los arcos torales del presbiterio y del ábside, y están decorados con hojas de palma.8